En los años sesenta, Joseph Ratzinger elabora un documento que es remitido a todos los obispos, donde explica el procedimiento para actuar en los casos de abusos sexuales del personal eclesiástico (incluyendo la pederastia). En él se establece que quien ha sufrido el abuso no puede hablar del caso, al estar bajo secreto de confesión.
En 2001, Ratzinger reformula el documento ; pero la única variación es que ahora es el Vaticano quien debe conocer y decidir sobre el caso. En esa época se habían denunciado numerosos de casos de pederastia en EEUU e Irlanda. Se confirmó que los obispos habían protegido a pederastas, y que los casos eran generales. El procedimiento era enviar al sacerdote pederasta a otro lugar, y obligar al silencio al abusado con la excusa del secreto de confesión, y, en último caso, presionar y perseguir a quienes intentaran denunciarlo. Si se les pillaba, los obispos decían que el cura fue trasladado porque pensaban que ya estaba curado. El resultado es la perpetuación de los casos con curas que abusaron de más de cien niños distintos
En EEUU se creó una comisión interna para enfrentarse a los casos. El responsable fue obligado a dimitir al año, después de declarar en los Angeles Times que la iglesia se había comportado como la mafia, por proteger a los suyos y silenciar los crímenes con amenazas y presiones sobre sus víctimas y denunciantes.
Un fiscal narra como la iglesia le puso trabas continuas durante la investigación. Explica que el procedimiento habitual de los obispos es remitir todas las pruebas condenatorias al nuncio del país (embajador del Vaticano, con inmunidad diplomática y no investigable), y de esta forma hacen desaparecer los datos importantes.
Este fiscal consiguió pruebas que condenaron a ocho sacerdotes y logró una declaración por escrito de un obispo, que confirmaba que tenían ordenes de proteger a la Iglesia y esconder las pruebas, lo cual significó que los pederastas siguieron abusando de niños.
Hoy en día se ha perdido la pista a algunos sacerdotes que huyeron al Vaticano para no ser juzgados en América, y fueron acogidos hasta que era inevitable la extradición.
Las diócesis condenadas han debido pagar sumas enormes de dinero en compensación, lo que ha hecho bajar las donaciones a la Iglesia Católica en América.
Las donaciones a la Iglesia, sirven para sufragar, aparte de viajes en primera clase y los fastos de la jerarquía católica, también para pagar las costas de los juicios contra los sacerdotes acusados por pederastia, los de los curas violadores de monjas , los de los curas genocidas, y para mantener misiones asistenciales en África, Asia, Latinoamerica, donde se predica que no hay que usar el condón, que hay que tener todos los hijos que Dios quiera enviar, y la sumisión y el silencio ante los abusos, bajo amenaza de excomunión.